Para el Torneo Clausura, casi la mitad de sus principales jugadores se fueron del club, y pese a no poder mostrar el mismo juego que en el Apertura, Danubio volvió a pelear el campeonato, estando en varias fechas como puntero y en la penúltima fecha asegurando la Tabla Anual. El campeonato que cortó con la hegemonía fue el torneo de 2013-14, el cual fue conquistado por Danubio con la particularidad de ser el primer campeonato uruguayo de la historia en ser definido por dos equipos chicos. En dicho período, tuvo que pasar por constantes fracasos; en los torneos cortos solo ganó el Clausura 2008, en tanto que su tradicional rival ganó ya 3 Campeonatos Uruguayos, en 2005, 2005-06 y 2008-09, el Clausura 2006 y el Apertura 2008. En algunas ocasiones tuvo que sufrir algunas goleadas, cuando visitó a Liverpool en Belvedere por el Clausura 2004 (0-4), en el mismo campeonato frente a Danubio (1-5), las que también Danubio le propinó en el Apertura 2005 (2-7), y en el Apertura 2006 (1-4), River Plate en el Apertura 2007 (3-6) o en el clásico ante Nacional en el Apertura de esta misma temporada (3-0). Además del citado partido ante Nacional, Peñarol tuvo una racha muy adversa en clásicos, disputándose desde el 2003 hasta el 2010 un total de 27 clásicos, (oficiales y amistosos) con 6 victorias para el carbonero, 13 victorias para el albo y 8 empates.
Se destacan un partido frente a Nacional que perdió 3-6 habiendo estado 3-0, o el desempate del Torneo Clausura con Peñarol, ya que luego de igualar en la cima con 37 puntos tuvieron que enfrentarse para clasificar a las finales, partido que River Plate ganaba 3-2 al término del primer tiempo pero que terminó cayendo por 3-5. Ya en las definiciones del campeonato, Defensor Sporting venció a Peñarol. Por su parte, Defensor Sporting ganó un Torneo Clausura que también tuvo sus complicaciones. Danubio, dirigido por Gustavo Matosas, repitió lo logrado por Nacional en 1998, al consagrase Campeón Uruguayo (a tan solo 3 años de obtener el título en 2004) en la temporada 2006-07, ganando los Torneos Apertura y Clausura en un mismo campeonato y obteniendo tres títulos en toda la temporada. Tampoco repitió su éxito en la clasificación para la Copa Mundial de la FIFA de 1958, aunque logró un empate muy meritorio contra el entonces campeón mundial Inglaterra, en el campeonato local británico de 1970, semanas antes de que Inglaterra fuera a defender su título en la Copa del Mundo 1970. Esto ayudó a darle a Gales una parte del trofeo del Campeonato de casa del año, la diferencia de goles no se utilizó en esa etapa para determinar un ganador absoluto.
Nacional, tras obtener el beneficio de acceder a la definición del torneo, mostró desinterés por el Torneo Clausura para enfocarse en la Copa Libertadores 2009, torneo en el que alcanzó la semifinal. La edición 2011-12 contó con la particularidad de proclamar campeón a un técnico extranjero, Marcelo Gallardo con Nacional, por primera vez desde 1979 cuando Peñarol se coronó campeón con Dino Sani como entrenador. En el Torneo Clausura, se vería a un Peñarol más contundente, luego de contratar al último técnico que supiera ganar un Campeonato Uruguayo al equipo aurinegro (en 2003) Diego Aguirre. En dicho partido, Peñarol se adelantó con gol de Arévalo Ríos, pero cerca del final Danubio empató con gol de Hamilton Ricard, jugador que minutos después fuese expulsado del partido, por lo que Danubio tuvo que jugar todo el alargue con un hombre de menos. Ya en cuartos de final de la fase clasificatoria, se enfrentaría a la selección occidental alemana, vigente campeona de Europa y del mundo, por un puesto en la fase final de la competición. A lo largo del campeonato, Danubio peleó el título principalmente con Peñarol, club con el que debió enfrentarse en la última fecha, además de un partido de desempate por el primer puesto en el Torneo Clausura.
Aquella temporada la Real cuajó su mejor campaña liguera desde el tercer puesto de 1930-31. Durante toda la temporada ocupó los puestos altos de la tabla, acabando al final en el quinto lugar. En las finales, se debió disputar un total de 5 partidos para decidir al campeón uruguayo (vale aclarar que los tres primeros partidos eran de semifinales, entre los campeones de los Torneos Apertura y Clausura, y en caso de ganar el equipo que no obtuvo la Tabla Anual, debía jugar la final a dos partidos más, de ida y vuelta). El tricolor recibió una sanción de quita de tres puntos para la siguiente temporada, y debió esperar hasta febrero de 2009 para que se disputara la última fecha postergada, en la que superó con holgura a Central Español. “Es un momento en el que nos toca proyectar a medio y largo plazo y tener una mirada amplia ya que llegaremos a los 50.000 habitantes en los próximos años y nos harán falta nuevos equipamientos, como una segunda biblioteca y otro instituto”, destaca la alcaldesa, Lourdes Borrell, camiseta futbol baratas que define este solar de 68.000 metros cuadrados como “de importancia estratégica” para la ciudad. Los rochenses finalizaron el Torneo Apertura con 33 puntos, dos más que Nacional.